A pesar de su pequeño tamaño, Cabrera ha sufrido numerosos avatares con el transcurrir de los tiempos. Desde épocas remotas, muchos pueblos y civilizaciones han recalado en estas costas: fenicios, cartagineses, romanos y bizantinos buscaron aquí refugio, alimentos y agua.

En el siglo XIV se construye el castillo para proteger la isla de los ataques de los Piratas berberiscos, que se mantendrán a lo largo de los siglos siguientes, marcando la historia de las Islas Baleares.
Cuando los vigilantes oteaban un barco pirata, lo comunicaban con señales de fuego a las atalayas del sur de Mallorca, y de allí al resto de la isla. Cuentan las crónicas que una de las penas más duras, peor incluso que ir a galeras, era la de ser vigía en Cabrera.

A medida que aumenta el control naval sobre el Mediterráneo, van disminuyendo los asaltos de los piratas, lo que permite que se normalicen las actividades ganaderas y agrícolas.

En 1809, la batalla de Bailén supone la primera derrota de los ejércitos de Napoleón en la guerra de la Independencia. Los prisioneros franceses son trasladados a los pontones de Cádiz, barcazas que hacían la función de prisiones flotantes, y de allí a Mallorca, donde se ofreció Cabrera como alternativa, ante el temor de la población local de tener que albergar entre 6.000 y 9.000 prisioneros sin contar con las instalaciones adecuadas. El cautiverio se prolongó a lo largo de cinco años, hasta que se firma la paz en 1814. Sólo 3.600 hombres volvieron a Francia.

Durante el siglo XIX, se producen algunos cambios en Cabrera, que culminan a finales de siglo con un nuevo proyecto de repoblación que vuelve a fracasar. En 1890, Cabrera pasa a ser propiedad de la familia Feliu, que construye Can Feliu y Es Celler, impulsando el cultivo de la vid e intentando repoblar la isla. El proyecto se denominó Villacristina.

En 1916, Cabrera es expropiada por intereses de la defensa nacional, y se establece una pequeña guarnición de unos treinta hombres que no afectaba excesivamente a la naturaleza de la isla y que incluso mantenía cierto control sobre las actividades humanas. Esta situación cambia en 1973, cuando el Ministerio de Defensa inicia un programa anual de maniobras militares con fuego real: cada verano, en plena época de nidificación, una auténtica invasión militar ocupaba las islas y dispara toneladas de munición sobre los islotes que rodean Cabrera, causando la muerte directa de las aves o el abandono de los nidos.